使用完畢后，必須復原才能放回鏡箱內，其步驟是:取下標本片，轉動旋轉器使鏡頭離開通光孔，下降鏡臺，平放反光鏡，下降集光器(但不要接觸反光鏡)、關閉光圈，推片器回位，蓋上綢布和外罩，相差顯微鏡廠家，放回實驗臺柜內。(注:反光鏡通常應垂直放，但有時因集光器沒提至應有高度，鏡臺下降時會碰壞光圈，所以這里改為平放)
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遮光器定位失靈
這可能是遮光器固定螺絲太松，定位彈珠逃出定位孔造成。只要把彈珠放回定位孔內，旋緊固定螺絲就行了。如果旋緊后，遮光器轉動困難，則需在遮光板與載物臺間加一個墊圈。墊圈的厚薄以螺絲旋緊后，遮光器轉動輕松，相差顯微鏡報價，定位彈珠不外逃，遮光器定位正確為佳。
后來有兩個人開始在科學上使用顯微鏡。一個是意大利科學家伽利略。他通過顯微鏡觀察到一種昆蟲后，對它的復眼進行了描述。然后是荷蘭亞麻織品商人列文虎克(1632年-1723年)，他自己學會了磨制透鏡。他描述了許多肉眼所看不見的微小植物和動物。
1931年，相差顯微鏡，恩斯特·魯斯卡通過研制電子顯微鏡，使生物學發生了一場---。這使得科學家能觀察到像百萬分之一毫米那樣小的物體。1986年他被授予---。
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