全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，包括mrna和各種noncoding rna。我們知道生物體本身的轉(zhuǎn)錄過(guò)程是一個(gè)動(dòng)態(tài)變化且十分復(fù)雜的分子作用網(wǎng)絡(luò)，如果只是對(duì)某個(gè)單一rna分子的研究，有時(shí)并不能準(zhǔn)確的發(fā)現(xiàn)分子作用機(jī)制。而競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源rna(cerna)理論闡述了一種全新的轉(zhuǎn)錄調(diào)控模式：cerna包括lncrna、circrna、mrna、假基因等分子能夠通過(guò)mirna應(yīng)答元件microrna respe element， mre競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合相同的mirna來(lái)調(diào)節(jié)彼此的表達(dá)水平。舉個(gè)例子：mirna會(huì)導(dǎo)致基因沉默現(xiàn)象發(fā)生，而如果lncrna競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合了mirna，從而影響了mirna基因沉默功能實(shí)現(xiàn)。
cerna是目前轉(zhuǎn)錄調(diào)控領(lǐng)域的-內(nèi)容之一，通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組研究能夠系統(tǒng)性的闡述cerna的分子作用機(jī)制。目前對(duì)全轉(zhuǎn)錄組簡(jiǎn)便的方法就是構(gòu)建2個(gè)測(cè)序-分別進(jìn)行測(cè)序。標(biāo)準(zhǔn)的生物信息學(xué)分析能夠得到mrna、lncrna、circrna、mirna各自的研究?jī)?nèi)容，靶向調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、cerna網(wǎng)絡(luò)、共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析可以將這幾種rna聯(lián)合起來(lái)分析，pcr引物設(shè)計(jì)，從而發(fā)現(xiàn)新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型。去除rrna的鏈特--，含有的rna信息含量十分豐富，通過(guò)測(cè)序和生物信息學(xué)分析能夠得到mrna、lncrna、circrna的鑒定及注釋信息。不過(guò)該-構(gòu)建時(shí)會(huì)進(jìn)行片段化選擇從而濾掉了small rna的信息，所以需要另外再構(gòu)建一個(gè)small rna-，進(jìn)行測(cè)序分析后可以得到mirna和其他small rna的鑒定及注釋信息。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方案路線圖如下所示：
rna pull down 檢測(cè)
rna
southern雜交
實(shí)驗(yàn)原理
southern印跡雜交southern blot是1975年由英-southern創(chuàng)建，是研究dna圖譜的基本技術(shù)。southern印跡雜交是進(jìn)行基因組dna特定序列定位的通用方法。一般利用瓊脂糖凝膠電泳分離經(jīng)-性內(nèi)切酶-的dnal片段，將膠上的dna變性并在原位將單鏈dnal片段轉(zhuǎn)移至尼龍膜或其他固相支持物上，pcr，經(jīng)干烤或者紫外線照射固定，再與相對(duì)應(yīng)結(jié)構(gòu)的標(biāo)記探針進(jìn)行雜交，用放l射自顯影或酶反應(yīng)顯色，從而檢測(cè)特定dna分子的含量。
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