str檢測(cè)
短串聯(lián)重復(fù)(short tandem repeats，pcr實(shí)驗(yàn)室， str)，又稱(chēng)微wei星dna(microsatellite dna)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(- repeat sequence， srs或ssr)，是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。有絲分裂過(guò)程中dna鏈之間的錯(cuò)配引起的fu制滑動(dòng)被認(rèn)為是導(dǎo)致str產(chǎn)生的較為常見(jiàn)原因，并且依據(jù)不同fu制單元大小的不同以及不同物種之間，fu制滑動(dòng)發(fā)生的概率也不相同。
str是以-序列 (core repeat units) 首尾相連多次重復(fù)形成。每個(gè)str的-序列結(jié)構(gòu)相同，長(zhǎng)度為2-6bp，但其重復(fù)單位數(shù)目和重復(fù)區(qū)域的長(zhǎng)度不同，因此str在不同種族、不同人群之間的分布具有差-，構(gòu)成了str遺傳多態(tài)性。不同個(gè)體之間在一個(gè)同源str位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)也不同，因而同指紋識(shí)別一樣，str位點(diǎn)分析也可對(duì)個(gè)體進(jìn)行身份識(shí)別。通過(guò)識(shí)別個(gè)體基因組在特定位點(diǎn)的特定序列重復(fù)，即可創(chuàng)建其基因檔案。基于此，pcr引物設(shè)計(jì)，str分析法已經(jīng)成為一種重要的鑒定分析方法，應(yīng)用于-學(xué)、qin子鑒定及細(xì)胞鑒定等領(lǐng)域。
轉(zhuǎn)錄組重測(cè)序
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有mrna的總和。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及基因結(jié)構(gòu)等研究的基礎(chǔ)，pcr，通過(guò)新一代高通量測(cè)序，能夠快速的獲得某一物種特定組織或在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，已廣泛應(yīng)用于-診斷、基礎(chǔ)研究和研發(fā)等領(lǐng)域。
轉(zhuǎn)錄組resequencing針對(duì)的是有參考基因組的物種。用新一代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)某物種的特定組織或細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，與參考基因組比較，可以得到基因表達(dá)差異、可變剪接、融合基因等遺傳調(diào)控信息。
dna測(cè)序檢測(cè)
1. pcr測(cè)序反應(yīng)
(1)取0.2ml的pcr管，用記號(hào)筆編號(hào)，將管插在顆粒冰中，按下表加試劑:
所加試劑測(cè)定模板管標(biāo)準(zhǔn)對(duì)照管
bigdye mix
1μl
1μl
待測(cè)的質(zhì)粒dna
1μ 1
pgem-3zf (+)雙鏈dna
-1μ1
待測(cè)dna的正向引物
1μ 1
m13(-21)引物- 1μ 1
滅菌去離子水
2μ 1
2μ 1
總反應(yīng)體積5μ 1，不加輕礦物油或石蠟油，蓋緊pcr管，用手指彈管混勻，稍離心。
(2)將pcr管置于9600或2400型pcr儀.上進(jìn)行擴(kuò)增。98c變性2min后進(jìn)行pcr循環(huán)，
pcr循環(huán)參數(shù)為96c 10s， 50c 5s， 60°c4min，-， 25 個(gè)循環(huán)，擴(kuò)增結(jié)束后設(shè)置4c保溫。
2.-法純化pcr產(chǎn)物
(1) 將混合物離心，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到1.5ml ep管中。
(2)加入25μ 1/-混合液，充分振蕩，置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于
4c離心30 min，小心棄上清。
(3)加70%(v/v)的-50μ 1 洗滌沉淀2次。12 000r/min 于4c離心5min，小心棄上清和
管壁的液珠，真空干燥沉淀10~ 15min。
3.電泳前測(cè)序pcr產(chǎn)物的處理。
(1)加入12μ 1的tsr于離心管中，劇烈振蕩，讓其充分溶解dna沉淀，稍離心。
(2)將溶液轉(zhuǎn)移至蓋體分離的0.2ml pcr管中，稍離心。
(3)在pcr儀上進(jìn)行熱變性(95c 2min)，冰中驟冷，待_上機(jī)。
4..上機(jī)操作按儀器操作說(shuō)明書(shū)安裝毛細(xì)管，進(jìn)行毛細(xì)管位置的校正，人工手動(dòng)灌膠和建立
運(yùn)行的測(cè)序順序文件。
5.儀器將自動(dòng)進(jìn)行序列分析，并可根據(jù)用戶要求進(jìn)行序列比較。如測(cè)序序列已知，可通過(guò)
序列比較以星號(hào)標(biāo)出差異堿基處，提高工作效率。
6.測(cè)序完畢按儀器操作規(guī)程進(jìn)行儀器清洗與保養(yǎng)。
登錄后臺(tái)
