---酶污染的過夜鑒定
所有的---性內切酶與1μg 底物dna在50μl反應體系中，采用的nebuffer溫育過夜。比較酶切1小時的特征帶型和過夜酶切的帶型。如果兩種情況下帶型均明顯、沒有改變，則說明測試的酶中不存在非特---的dna酶。可以溫育過夜的zui大酶單位數。
---外切酶污染鑒定
所有的---性內切酶與1μg 單雙鏈混合的、3h標記的e.coli dna在50μl反應體系中，采用隨酶提供的nebuffer，在的溫度下溫育4小時。通過可溶解的tca著色，可以計算出反應體系中被標記的dan的百分比，進而可以顯示出---外切酶的污染。該種方法可檢測出的底線是0.05%。
---性內切酶對環狀質粒dna產生的酶切片段數與切口數一致。因此，鑒定酶切后的片段在電泳凝膠的區帶數，就可以推斷切口的數目;從片段遷移率可判斷酶切片段大小。用已知分子量的線狀dna 為對照，通過電泳遷移率的比較，可以粗略地測出分子形狀相同的未知dna的相對分子大小。
質粒dna的相對分子量(mr )一般在106～107 范圍內，如質粒pbr的相對分子為2.8×106 ，在細胞內有三種構型：共價閉環dna，常以超螺旋形式存在;如果兩條鏈中有一條鏈發生一處或多處斷裂，分子就能旋轉而消除鏈的張力，這種松弛型的分子叫作開環dna;雙鏈線狀dna由于兩條鏈的切口在同一部位被切斷，不能成環，完全開放成線狀，簡稱線性dna。如果要測定質粒dna的相對分子量，建議把質粒用單一切口的酶水解得到線性dna部分片段。三種構型的質粒dna 在電泳時的泳動速度為：共價閉環dna>;線狀dna >;開環dna。
---酶的---作用實際就是---酶降解外源dna ，維護宿主遺傳穩定的保護機制。methylation是常見的修飾作用，可使腺piao呤a和胞嘧1啶c methylation而受到保護。通過甲1基化作用達到識別自身遺傳物質和外來遺傳物質的目的。
所以，能產生防御---侵染的---酶的---，其自身的基因組中可能有該酶識別的序列，mrna切割酶，只是該識別序列或酶切位點被methylation了。但并不是說一旦methylation了，所有---酶都不能切割。大多數---酶對dnamethylation敏感，因此當---酶目標序列與methylation位點重疊時，對酶切的影響有3種可能，即不影響、部分影響、完全阻止。
對methylationdna的切割能力是---酶內在和不可預測的特性，因此，為有效的切割dna，必須同時考慮dna methylation和---酶對該類型methylation的敏感性。另外，大部分商業---酶如今專門用于切割methylation dna。
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